Období do zrušení kláštera r.1782

                       Ono období cca 20 let je vymezeno listinami z let 1280 a 1303. Klášter byl znovuobnoven zejména péčí otcovského kláštera v Sedlci u Kutné Hory. Klášter následně  procházel obdobími, kdy bylo období poklidu a s ním spojeného rozvoje, náhle vystřídáno obdobím totálního zmaru a zničení.

                       První období zmaru, po období rozkvětu, přišlo v období husitských válek a to konkrétně v r.1422, kdy husité při obléhání Německého Brodu vyhnali z kláštera jeptišky, a r.1424, kdy vojsko Jana Žižky táhnoucí na Moravu klášter prý zničilo do základů. Až do r.1471 pak následně nejsou známy zprávy o jeho fungování a jeho majetky různě mění majitele. Je zajímavé, že vydrancování kláštera bylo poslední "úspěšnou vojenskou akcí" husitských vojsk pod vedením Jana Žižky, který následně zemřel při obléhání nedaleké Přibyslavi. Jakoby vypálením kláštera přetekl pohár boží trpělivosti.

                       Ke znovuobnovení privilegií kláštera došlo 16.října 1486 za vlády Vladislava Jagellonského a následně byla tato privilegia potvrzena r.1522 a r.1528 českých královským párem královnou Marií a českým králem Ferdinandem I. z rodu Habsburků.

                       Až do třicetileté války klášter prožívá poměrně neklidnou dobu české reformace. Jde o období velkých změn v katolické církvi a tento vliv neklidné doby na život v klášteře je patrný ze zpráv o morálních poklescích místních jeptišek a abatyší, které byly dokonce označeny jako "neposlušné a že nedodržovali klauzuru".

                       V období třicetileté války byla situace v klášteře až neutěšená. Klášter je zmiňován i jako téměř prázdný a bez abatyše. Pohromou pak byla dvě tažení Švédů okolím v letech 1639 a 1645. Švédové jej dokonce po bitvě u Jankova při následném drancování dne 7.března 1645 vypálili. Naštěstí se tentokrát klášter vzpamatoval velmi rychle a již od července 1645 znovu fungoval.

                       Následuje období rozmachu kláštera, které trvá až do 20.3.1782, kdy byl v 11.hodin dopoledne v tehdejší  konventní jídelně vyhlášen dekret rakouského císaře Josefa II. o zrušení            kláštera. V tomto období rozmachu byly v areálu kláštera a v okolí prováděny rozsáhlé stavební aktivity, jako byla např. přestavba klášterního kostela, výstavba kaple Všech svatých, výstavba kaple sv.Anny, vztyčení sochy sv.Jana Nepomuckého, ale také   třeba výstavba klášterní sýpky. S touto dobou jsou spojeny i osobnosti jako Jan Blažej Santini, který projektoval budovu nového probošství (nyní fary) či Petr Brandl, jehož obraz Nanebevzetí Panny Marie byl ziskán z plaského kláštera.